במכירת נחלה חקלאית המוכר מחוייב בתשלומים רבים לרשויות השונות, התשלומים יכולים לנוע סביב מחצית משווי המכירה, לכן כשמוכרים נחלה חייבים להכיר את כל התשלומים ולהביא אותם בחשבון בהסכם המכר ובמחיר.
ניתן לבצע עסקאות ברוטו או נטו, כאשר בעסקת ברוטו כל התשלומים חלים על המוכר עפ"י חוק או לבצע עסקת נטו שבה כל התשלומים חלים על הקונה עפ"י הסכם המכר וככה בעצם המוכר יודע כמה כסף הוא מקבל לידיו ללא הוצאות.
אלו התשלומים החלים בעת מכירת נחלה חקלאית:
1. דמי רכישה על שטח חלקת המגורים – תשלום לרשות מקרקעי ישראל.
2. דמי הסכמה על השטחים החקלאיים – תשלום לרשות מקרקעי ישראל.
3. דמי שימוש על חריגות בניה במידה וקיימות – תשלום לרשות מקרקעי ישראל.
4. היטל השבחה – תשלום לועדה המקומית לתכנון ובניה.
5. מס שבח – תשלום לרשות המיסים.
6. מס רכישה על דמי הרכישה – תשלום לרשות המיסים.
לאחר רכישה נחלה חקלאית, הנחלה מהוונת והזכויות מעוגנות בחוזה חכירה בין הרוכש לבין רשות מקרקעי ישראל.
בעקבות תשלום דמי הרכישה ניתן לנצל את כלל הזכויות החלות על הנחלה, מלבד זכויות לפל"ח (פעילות לא חקלאית) אותם נצטרך לרכוש בנפרד מתשלום דמי הרכישה.
